Faculty of Chemistry Jagiellonian University

back

Department of Computational Methods in Chemistry

Head of Department:

Andrzej Eilmes, Dr habil, PhD

department members

Andrzej Eilmes, Dr habil, PhD

Grzegorz Mazur, Dr habil, PhD

Piotr Kubisiak, PhD

basic information

Research
Research activities are focused on

Global optimization methods

Development of advanced computational methods in quantum chemistry

Within the Department, a software package for quantum-chemical and microelectrostatic calculations is being developed. The package is also being used for teaching purposes.
Recent papers

A. Eilmes, Effect of Molecular Vibrations on the MD/QC-Simulated Absorption Spectra, Int. J. Quant. Chem. 114 (2014) 261

A. Eilmes, Ab Initio Molecular Dynamics Simulations of Ketocyanine Dyes in Molecular Solvents, in M. Bubak, T. Szepieniec, K. Wiatr (Eds.), PL-Grid 2011, Lecture Notes in Computer Science, 7136, Springer-Verlag Berlin-Heidelberg, 2012, pp. 276-284

G. Mazur, M. Makowski, J. Sumera, K. Kowalczyk, Efficient Energy and Electrostatic Properties Calculations at the MP2 Theory Level: A Case Study of Density Matrix-Based Computational Quantum Chemistry, Computing and Informatics 31 (2012) 665

A. Styrcz, J. Mrozek, G. Mazur, A Neural-Network Controlled Dynamic Evolutionary Scheme for Global Molecular Geometry Optimization, Int. J. Appl. Math. Comp. Science. 21 (2011) 559

M. Seth, G. Mazur, T. Ziegler, Time-dependent density functional theory gradients in the Amsterdam density functional package: geometry optimizations of spin-flip excitations, Theor. Chem. Acc. 129 (2011) 331

G. Mazur, M. Makowski, R. Wlodarczyk, Y. Aoki, Dressed TDDFT Study of Low-Lying Electronic Excited States in Selected Linear Polyenes and Diphenylopolyenes, Int. J. Quant. Chem. 111 (2011) 819

G. Mazur, M. Makowski, M. Brela, Effective Resource Allocation in Parallel Quantum-Chemical Calculations, Computing and Informatics, 30 (2011) 761

M. Wielgosz, G. Mazur, M. Makowski, E. Jamro, P. Russek, K. Wiatr, Analysis of the Basic Implementation Aspects of Hardware-Accelerated Density Functional Theory Calculations, Computing and Informatics, 29 (2010) 989

G. Mazur, M. Makowski, Development and Optimization of Computational Chemistry Algorithms, Computing and Informatics, 28 (2009) 115

G. Mazur, R. Włodarczyk, Application of the Dressed Time-Dependent Density Functional Theory for the Excited States of Linear Polyenes, J. Comp. Chem. 30 (2009) 811

G. Mazur, An Improved SCPF Scheme for Polarization Energy Calculations, J. Comp. Chem. 29 (2008) 988

Seminars
Department seminars, organized together with the Department of Theoretical Chemistry, take place on Wednesdays, 10:15 am, room 17. The list of presentations is maintained by the Department of Theoretical Chemistry.
Teaching
Teaching activities at the Department involve mainly:

information technology for chemistry and environment protection students

numerical methods

molecular modelling

applied mathematics

MSc theses completed in the Department

Roman Łazarski (promotor dr Grzegorz Mazur)
Applicability analysis of the automatic code generation techniques for implementation of chosen quantum-chemical calculations, 2012

Piotr Kuźniarowicz (promotor dr Grzegorz Mazur)
Implementacja i analiza wydajności zrównoleglonej procedury samouzgodnionego pola, 2012

Rafał Abram (promotor dr Grzegorz Mazur)
Modelowanie stanów wzbudzonych układów molekularnych o potencjalnym znaczeniu w inżynierii materiałów optycznych

Jakub Sumera (promotor dr Grzegorz Mazur)
Efektywny opis wybranych właściwości dużych układów molekularnych w ramach metodologii MP2

Radosław Włodarczyk (promotor dr Grzegorz Mazur)
Implementacja metody TDDFT uwzględniająca w przybliżony sposób wpływ konfiguracji podwójnie wzbudzonych na energię wzbudzeń (thesis received Prof. Jacek Rychlewski Award)

Piotr De Silva (promotor dr hab. Janusz Mrozek)
Wiązania chemiczne z teorii informacji Fishera

Dariusz Szczepanik (promotor dr hab. Janusz Mrozek)
Entropowe indeksy wiązań chemicznych na gruncie teorii informacji

Anna Styrcz (promotor dr hab. Janusz Mrozek)
Hybrydowe metody optymalizacji geometrii

Daniel Błażewicz (promotor dr hab. Janusz Mrozek)
Przystosowanie programu MOPAC6 do pracy na architekturach równoległych - obliczanie właściwości molekularnych

Rafał Koczeń (promotor dr hab. Janusz Mrozek)
Oprogramowanie do budowy interaktywnych podręczników i pomocy dydaktycznych

Andrzej Fima (promotor dr hab. Janusz Mrozek)
Narzędzia do wizualizacji wyników i komunikacji między programami do obliczeń chemicznych

Other activities
Another important field of activity is supervision and development of the Faculty computer network services.

Modified by: Mariusz Pilch, 2020-01-03 11:46:30

home


back	Department of Computational Methods in Chemistry

	Head of Department: Andrzej Eilmes, Dr habil, PhD

	department members
	Andrzej Eilmes, Dr habil, PhD Grzegorz Mazur, Dr habil, PhD Piotr Kubisiak, PhD

	basic information
		Research Research activities are focused on Global optimization methods Development of advanced computational methods in quantum chemistry Within the Department, a software package for quantum-chemical and microelectrostatic calculations is being developed. The package is also being used for teaching purposes. Recent papers A. Eilmes, Effect of Molecular Vibrations on the MD/QC-Simulated Absorption Spectra, Int. J. Quant. Chem. 114 (2014) 261 A. Eilmes, Ab Initio Molecular Dynamics Simulations of Ketocyanine Dyes in Molecular Solvents, in M. Bubak, T. Szepieniec, K. Wiatr (Eds.), PL-Grid 2011, Lecture Notes in Computer Science, 7136, Springer-Verlag Berlin-Heidelberg, 2012, pp. 276-284 G. Mazur, M. Makowski, J. Sumera, K. Kowalczyk, Efficient Energy and Electrostatic Properties Calculations at the MP2 Theory Level: A Case Study of Density Matrix-Based Computational Quantum Chemistry, Computing and Informatics 31 (2012) 665 A. Styrcz, J. Mrozek, G. Mazur, A Neural-Network Controlled Dynamic Evolutionary Scheme for Global Molecular Geometry Optimization, Int. J. Appl. Math. Comp. Science. 21 (2011) 559 M. Seth, G. Mazur, T. Ziegler, Time-dependent density functional theory gradients in the Amsterdam density functional package: geometry optimizations of spin-flip excitations, Theor. Chem. Acc. 129 (2011) 331 G. Mazur, M. Makowski, R. Wlodarczyk, Y. Aoki, Dressed TDDFT Study of Low-Lying Electronic Excited States in Selected Linear Polyenes and Diphenylopolyenes, Int. J. Quant. Chem. 111 (2011) 819 G. Mazur, M. Makowski, M. Brela, Effective Resource Allocation in Parallel Quantum-Chemical Calculations, Computing and Informatics, 30 (2011) 761 M. Wielgosz, G. Mazur, M. Makowski, E. Jamro, P. Russek, K. Wiatr, Analysis of the Basic Implementation Aspects of Hardware-Accelerated Density Functional Theory Calculations, Computing and Informatics, 29 (2010) 989 G. Mazur, M. Makowski, Development and Optimization of Computational Chemistry Algorithms, Computing and Informatics, 28 (2009) 115 G. Mazur, R. Włodarczyk, Application of the Dressed Time-Dependent Density Functional Theory for the Excited States of Linear Polyenes, J. Comp. Chem. 30 (2009) 811 G. Mazur, An Improved SCPF Scheme for Polarization Energy Calculations, J. Comp. Chem. 29 (2008) 988 Seminars Department seminars, organized together with the Department of Theoretical Chemistry, take place on Wednesdays, 10:15 am, room 17. The list of presentations is maintained by the Department of Theoretical Chemistry. Teaching Teaching activities at the Department involve mainly: information technology for chemistry and environment protection students numerical methods molecular modelling applied mathematics MSc theses completed in the Department Roman Łazarski (promotor dr Grzegorz Mazur) Applicability analysis of the automatic code generation techniques for implementation of chosen quantum-chemical calculations, 2012 Piotr Kuźniarowicz (promotor dr Grzegorz Mazur) Implementacja i analiza wydajności zrównoleglonej procedury samouzgodnionego pola, 2012 Rafał Abram (promotor dr Grzegorz Mazur) Modelowanie stanów wzbudzonych układów molekularnych o potencjalnym znaczeniu w inżynierii materiałów optycznych Jakub Sumera (promotor dr Grzegorz Mazur) Efektywny opis wybranych właściwości dużych układów molekularnych w ramach metodologii MP2 Radosław Włodarczyk (promotor dr Grzegorz Mazur) Implementacja metody TDDFT uwzględniająca w przybliżony sposób wpływ konfiguracji podwójnie wzbudzonych na energię wzbudzeń (thesis received Prof. Jacek Rychlewski Award) Piotr De Silva (promotor dr hab. Janusz Mrozek) Wiązania chemiczne z teorii informacji Fishera Dariusz Szczepanik (promotor dr hab. Janusz Mrozek) Entropowe indeksy wiązań chemicznych na gruncie teorii informacji Anna Styrcz (promotor dr hab. Janusz Mrozek) Hybrydowe metody optymalizacji geometrii Daniel Błażewicz (promotor dr hab. Janusz Mrozek) Przystosowanie programu MOPAC6 do pracy na architekturach równoległych - obliczanie właściwości molekularnych Rafał Koczeń (promotor dr hab. Janusz Mrozek) Oprogramowanie do budowy interaktywnych podręczników i pomocy dydaktycznych Andrzej Fima (promotor dr hab. Janusz Mrozek) Narzędzia do wizualizacji wyników i komunikacji między programami do obliczeń chemicznych Other activities Another important field of activity is supervision and development of the Faculty computer network services.